In silico analysis of mismatches in RT-qPCR assays of 177 SARS-CoV-2 sequences from Brazil

Abstract INTRODUCTION: Quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) can detect the severe acute respiratory syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) in a highly specific manner. However, a decrease in the specificity of PCR assays for their targets may lead to false negative results. METHODS: Here, 177 high-coverage complete SARS-CoV-2 genome sequences from 13 Brazilian states were aligned with 15 WHO recommended PCR assays. RESULTS: Only 3 of the 15 completely aligned to all Brazilian sequences. Ten assays had mismatches in up to 3 sequences and two in many sequences. CONCLUSION: These results should be taken into consideration when using PCR-based diagnostics in Brazil.

Caesalpinia pulcherrima seed galactomannan on rheological properties of dairy desserts / Efeito da galactomanana da semente de Caesalpinia pulcherrima sobre as propriedades reológicas de sobremesas lácteas

ABSTRACT: Dairy desserts containing Caesalpinia pulcherrima seed galactomannan were evaluated to determine their static and dynamic rheological behaviors. Variations in consistency index (k), flow behavior (n), yield stress and thixotropy of the desserts indicated that the galactomannan caused an increase in the shear stress and apparent viscosity of the system. All samples exhibited shear-thinning behavior with flow behavior index values (n) between 0.06 and 0.37. Dynamic rheological behavior was evaluated for MD (high solid levels) and MD/2 (half the amount of solids) groups, and both G' and G'' moduli were depended on the frequency. The MD and MD/2 groups showed variations in the elastic modulus (G') throughout the temperature range (mainly at 50 °C), showing greater sensitivity at high temperatures. C. pulcherrima galactomannan was able to promote synergism with starch, milk protein and sucrose and to improve the development of stronger and more resistant gels.

RESUMO: Sobremesas lácteas contendo galactomanana de semente de Caesalpinia pulcherrima tiveram suas propriedades reológicas estáticas e dinâmicas avaliadas. As variações nos índices de consistência (K) e comportamento de fluxo (n), assim como na tensão inicial de fluxo e na tixotropia das sobremesas mostraram o efeito da galactomanana sobre a tensão de cisalhamento e viscosidade aparente dos sistemas lácteos. Todas as sobremesas exibiram comportamento pseudoplástico, com índices de comportamento de fluxo (n) variando entre 0,06 e 0,37. A reologia dinâmica dos grupos MD (alto teor de sólidos) e MD/2 (metade do teor de sólidos), mostrou G' > G'' e módulos dependentes da frequência e da temperatura. Alterações químicas nos componentes das sobremesas foram observadas a 50° C em virtude da maior sensibilidade dos valores de G' e G" a partir dessa temperatura. A galactomanana de C. pulcherrima contribuiu para o desenvolvimento de géis mais fortes e resistentes nas sobremesas lácteas, bem como mostrou sinergismo com amido, proteína do leite e sacarose.

Differences in protein expression associated with ivermectin resistance in Caenorhabditis elegans / Diferenças na expressão de proteínas associadas à resistência à ivermectina em Caenorhabditis elegans

Abstract The indiscriminate administration of synthetic anthelmintics such as ivermectin contributes to the selection of subpopulations capable of resisting the drugs' effects. To understand the mechanisms of ivermectin resistance in Caenorhabditis elegans, this study attempted to identify molecular targets. C. elegans lineages that were sensitive and resistant to ivermectin were used. Collected nematodes were added to an extraction buffer and macerated in liquid nitrogen for protein extraction. The extracted proteins were separated according to molecular weight by SDS-PAGE to verify their integrity. Subsequently, proteins from both lineages were separated using two-dimensional electrophoresis. The gels were analyzed and the relevant spots were excised and identified by mass spectrometry (NanoESI-Q-TOF and MASCOT®) and subsequently assessed by GO enrichment and STRING® analyses. The increased expression of proteins associated with high metabolic activity, such as ATP-2 and ENOL-1, which are responsible for ATP synthesis, was observed. Furthermore, proteins with involvement in mediating muscular function (MLC-1, ACT-1, and PDI-2), signaling (FAR-1 and FAR-2), and embryo development (VHA-2) were identified. Protein interaction analysis indicated that the majority of the identified proteins in the resistant lineages participated in the same reaction triggered by ivermectin.

Resumo A administração indiscriminada de anti-helmínticos sintéticos, como a ivermectina, contribui para a seleção de subpopulações capazes de resistir ao efeito das drogas. Para entender os mecanismos de resistência à ivermectina em Caenorhabditis elegans, este estudo visou identificar alvos moleculares. Portanto, linhagens de C. elegans sensíveis e resistentes à ivermectina foram utilizadas. Os nematóides coletados foram adicionados ao tampão de extração e macerados em nitrogênio líquido para obtenção das proteínas. As proteínas extraídas foram separadas por peso molecular em SDS-PAGE para verificar sua integridade. Posteriormente, as proteínas de ambas as linhagens foram separadas por eletroforese bidimensional. Os géis foram analisados, os spots relevantes foram excisados e identificados por espectrometria de massa (NanoESI-Q-TOF e MASCOT®), em seguida, analisados ​​em seus termos de GO e STRING®. A expressão aumentada de proteínas associadas à alta atividade metabólica, como as proteínas ATP-2 e ENOL-1, responsáveis ​​pela síntese de ATP, foi observada. Além disso, foram identificadas as proteínas responsáveis ​​pelo controle da função muscular (MLC-1, ACT-1 e PDI-2), sinalização (FAR-1 e FAR-2) e desenvolvimento embrionário (VHA-2). A análise das interações proteicas indicou que a maioria das proteínas identificadas na cepa resistente participa da mesma reação desencadeada pela ivermectina.

Produção de anticorpos policlonais anti-ricina / Production of polyclonal anti-ricin antibodies

A ricina é uma proteína bastante tóxica presente nas sementes de mamona que impossibilita o uso da torta de mamona "in natura", como ração. A torta de mamona destoxificada necessita ainda de métodos de análise que garantam a ausência de traços dessa proteína. Objetivou-se, neste trabalho, produzir e avaliar a sensibilidade e especificidade de anticorpos policlonais anti-ricina, para serem empregados como possíveis componentes de métodos sorológicos na detecção de ricina em torta de mamona destoxificada. Foram avaliadas três doses da proteína: 400, 180 e 100 µg cada uma dividida em duas aplicações em coelhos. A primeira dose foi injetada no animal no início do experimento e a segunda após 21 dias. O método de ELISA indicou que as duas doses menores (100 e 180 µg) induziram respostas imunológicas primária e secundária com produção de anticorpos específicos. Enquanto a dose maior (400 µg) de ricina apresentou uma resposta primária com elevação dos títulos de anticorpos, seguida de uma supressão da resposta. Esse perfil é sugestivo de tolerância imunológica. Pela técnica de Western blotting verificou-se que os anticorpos policlonais produzidos são bastante específicos para a ricina, no entanto, por detectarem ricina na forma nativa e desnaturada não são recomendados para o monitoramento de ricina em torta de mamona destoxificada por tratamento térmico.

Ricin is a very toxic protein found in castor bean plants, making it impossible to use natural castor cake as animal food. The detoxificated castor cake needs to be analyzed by methods that ensure the absence of traces of this protein. This work had the objective to produce and to evaluate the sensitivity and specificity of anti-ricin polyclonal antibodies, to be employed as component of sorologic methods as the ELISA in the detection of ricin in detoxificated castor cake. Three doses of protein, 400, 180 and 100 µg were evaluated each one injected twice into rabbit, with one half in the begin of the experiment and the other half after 21 days of immunization. The ELISA method indicated that the lower doses (100 e 180 µg) induced primary and secondary immunological response with production of specific antibodies, while the higher dose of ricin (400 µg) showed a primary response with increase of the antibody titre, followed of immunological suppression. This profile suggests immunological tolerance. By Western blotting technique it was verified that polyclonal antibodies are too specific to ricin, however, they detected ricin in native and denaturated form and are not recommended for the monitoring of ricin in detoxificated castor bean cake by heat treatment.